L'organisation administrative de l'hôpital a connu de nombreuses adaptations notamment au cours de ces dernières années, et récemment avec la loi Hopital Patient, Santé et Territoire du 21 juillet 2009.
Établissement public, l'hôpital est doté de l'autonomie financière et administrative.
Le Conseil de Surveillance (anciennement Conseil d'Administration), instance délibérative aux compétences importantes, et le Directeur, d'autre part, dont la compétence est générale, sont assistés par un ensemble d'instances consultatives et notamment la Commission Médicale d'Établissement qui assure la représentation des médecins, et le Comité Technique d'Établissement qui réunit les représentants des organisations syndicales.
Le Directoire associe, à parité, représentants de la direction et du corps médical, pour préparer le projet d'établissement et conseiller le directeur dans la gestion et la conduite de l'établissement.
Enfin, plusieurs instances permettent d'associer aux décisions les différents acteurs de l'hôpital : Commission de soins infirmiers, de rééducation et médico technique (CSIRMT), Comité d'hygiène et de sécurité et des conditions de travail (CHSCT), Comité de lutte contre les infections nosocomiales (CLIN), Comité de lutte contre la douleur (CLUD), Commission de Relation avec les Usagers (CRU).
D'autres Comités, non réglementaires, ont été créés au niveau de l'établissement, en particulier : Comité éthique, Comité de coordination des vigilances et de gestion des risques, Comité du linge, Comité restauration nutrition, etc.
